Родился Захар (его настоящее имя — Евгений) в деревне Ильинка Рязанской области в семье учителя и медсестры. Трудовую деятельность начал в 16 лет. Закончил филологический факультет Нижегородского государственного университета им. Н.И. Лобачевского и Школу публичной политики. Был разнорабочим, охранником, служил командиром отделения в ОМОНе, принимал участие в боевых действиях в Чечне в 1996 и 1999 годах.

Его первые произведения были опубликованы в 2003 году в газете «День литературы». Материалы Прилепина печатались в разных газетах, в том числе и в «Литературной газете», «Лимонке», «На краю», «Генеральной линии», а также в журналах «Север», «Дружба народов», «Роман-газета», «Новый мир», «Сноб», «Русский пионер», «Русская жизнь». Захар Прилепин был главным редактором газеты нацболов Нижнего Новгорода «Народный наблюдатель». Участвовал в семинаре молодых писателей Москвы.

В настоящее время работает главным редактором «Агентства политических новостей — Нижний Новгород», генеральным директором «Новой газеты в Нижнем Новгороде». Член ГЛФР.

Прилепин женат, у писателя четверо детей.