В течение 13 лет Мутко возглавлял на общественных началах Специальный олимпийский комитет Санкт-Петербурга, занимающийся реабилитацией лиц с врождёнными интеллектуальными недостатками. В 2002 году был избран в исполком Паралимпийского комитета России. 10 лет возглавлял благотворительное движение “Золотой Пеликан”. За выполнение важных социальных программ в 2002 году награждён орденом Дружбы.

Виталий Мутко был президентом Российского футбольного союза (2005-2009), членом Совета Федерации (2003-2008). С 12 мая 2008 года — министр спорта, туризма и молодежной политики Российской Федерации.